Situe au plein centre de la ville, il a été fondé en 1924 puis réorganisé en 1956, la date à laquelle il a reçu le nom « Musée Centrale d’Etat ».
La section des sciences naturelles est subdivisée en plusieurs sous-sections: géographie, géologie (sol et sous-sol), botanique, faune et paléontologie. Les chercheurs on répertoriée 2270 variétés de plantes en Mongolie, parmi lesquelles 600 variétés de plantes médicinales et 160comestibles par l’homme, dont on extrait des éléments nutritifs utilisés dans l’industrie alimentaire. Des 86 variétés définies comme endémiques, les deux tiers poussent dans les zones du Gobi. Des produits médicinaux sont extraits d’une trentaine de variétés de plantes. La section paléontologie contient plus de 800 objets, du Bas-Cambrien (-500 millions d’années) au Quaternaire (il y a 10 000 à 15 000 ans). Parmi les trésors exposés, on trouvera toutes sortes de vertèbres fossilisées, de plantes, d’empreintes de feuilles, d’insectes et de poissons, des restes de tortues, de crocodiles, de dinosaures et d’autres mammifères. Les plus fascinants est certainement la très riche collection de dinosaures qui parcouraient la Mongolie il y a 220-270 millions d’années. Leur taille varie de quelques centimètres à 30 m de hauteur. On a découvert en Mongolie des spécimens de dinosaures qui n’ont été répertorié nulle part ailleurs dans le monde. L’une des pièces les plus spectaculaires du musée est un gigantesque squelette complet de tarbosaure, cousin asiatique du tyrannosaure américain. Il a été découvert en 1948. Colden Camel Museum : Cette section se trouve au 2e étage du musée, et tout entier consacré au chameau de Bactriane.